$(1)$证明:∵折叠纸片使点$B$落在边$AD$上的点$E$处,折$ $痕为$PQ$
∴点$B$与点$E$关于$PQ $对称
∴$P B=PE,$$BF=EF,$$∠BPF=∠EPF$
又∵$EF//AB,$∴$∠BPF=∠EFP$
∴$∠EPF=∠EFP,$∴$EP=EF$
∴$BP=BF=EF=EP$
∴四边形$BFEP $为菱形
$(2)$解:①∵四边形$ABCD$是矩形
∴$BC=AD=5\ \mathrm {cm},$$CD=AB=3\ \mathrm {cm},$$∠A=∠D=90°$
∵点$B$与点$E$关于$PQ $对称
∴$P B=PE,$$CE=BC=5\ \mathrm {cm}$
$ $在$Rt∆CDE$中,$DE=\sqrt {CE^2-CD^2}= \sqrt {5^2-3^2}=4(\mathrm {cm})$
∴$AE=AD-DE=5-4=1(\mathrm {cm})$
在$Rt∆APE$中,$AE=1\ \mathrm {cm},$$AP=3-P B=3-PE$
∴$EP^2=1^2+(3-EP)^2$
解得$EP=\frac 53\ \mathrm {cm}$
∴菱形$BFEP $的边长为$\frac 53\ \mathrm {cm} $
$②$当点$Q $与点$C$重合时,点$E$离点$A$最近
由①知,此时$AE=1\ \mathrm {cm} $
当点$P $与点$A$重合时,点$E$离点$A$最远
此时四边形$ABQE$为正方形,$AE=AB=3\ \mathrm {cm}$
∴点$E$在边$AD$上移动的最大距离为$2\ \mathrm {cm}$